В конце первого фильма могущественный тёмный волшебник Геллерт Грин-де-Вальд был пойман сотрудниками МАКУСА (Магического Конгресса Управления по Северной Америке), не без помощи Ньюта Саламандера. Выполняя свое обещание, тёмный маг устраивает грандиозный побег и начинает собирать сторонников, большинство из которых не знают о его истинной цели: добиться превосходства волшебников над всеми немагическими существами на планете.

Чтобы сорвать планы Грин-де-Вальда, Альбус Дамблдор обращается к своему бывшему студенту Ньюту Саламандеру, который соглашается помочь, не подозревая, какая опасность ему грозит. В раскалывающемся на части волшебном мире любовь и верность проверяются на прочность, а конфликт разделяет даже настоящих друзей и членов семей.